制定程序合法但内容不合法，这样的规章制度是否有效？

2012年3月，李某进入某公司从事组训工作。工作期间，该公司与李某签订了两次书面劳动合同，劳动合同最终届满期限为2017年2月28日。

2016年7月，因李某未经公司允许私自挪用公司电脑，导致柜面无法办理业务，严重影响公司正常运营，该公司对李某进行通报批评。李某不服，向该公司提出申诉，该公司作出维持原通报批评的处罚决定。

2016年11月8日，李某在没有履行请假手续的情况下离开公司，之后再未到该公司工作。

2016年12月，经报工会同意后，该公司依据《考勤管理办法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，以申请人连续旷工10天，严重违反公司人事管理制度为由作出解除劳动合同决定，送达申请人。并依据该公司《考勤管理办法》员工旷工3天，扣除当月工资之规定，扣发了李某2016年11月的所有工资。该公司《考勤管理办法》于2015年5月通过公司民主程序制定，并在该公司OA系统上传公示，李某通过专属OA账号阅知。李某不服该公司解除劳动合同和扣发全月工资的行为，申请仲裁。

公司《考勤管理办法》中关于员工旷工三天扣当月全部工资的规定是否有效？

《考勤管理办法》中员工旷工三天扣当月工资的规定，系通过法定程序制定并经工会和职工大会同意后通过，李某作为该公司员工知晓该规定。该公司按照《考勤管理办法》的规定扣除李某的工资并无不妥。

公司以旷工三天扣当月工资的规定没有法律依据，是无效的，不能作为处理本案的依据，应该旷工几天扣几天的工资。

该公司应当支付李某11月份实际工作日应得劳动报酬。

因此用人单位在制定《企业考勤管理办法》《员工手册》等规章制度时应当经过民主程序，并且要内容不违反国家法律、行政法规及政策规定。

同时，这样的规定带给用人单位的风险可能不仅仅在于补上当月工资的问题。

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条的规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的；用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的，劳动者可以解除劳动合同且可以要求用人单位支付经济补偿金。

所以单位在制定规章制度的时候需要注意，做到既合法又合理。否则在发生劳动争议时，很有可能会因为制度违法或不具有合理性而不被司法机关采纳。