在许多企业中，基于关键业绩指标体系进行绩效考核遇到的一个很实际性的问题就是很难确定客观的量化的关键绩效指标。企业在具体操作时普遍感到，对于生产型或销售型的工作，比较容易设定量化的评估指标，可以较为客观地进行评估，而对于某些职位来说，进行关键绩效指标的设计则比较困难。下面所列的几点是在进行关键绩效指标体系设计时经常会受到的困扰：

1、绩效考核的结果并不总是很清晰。

对许多团队或个人来说，绩效的结果是什么并不十分清楚，人们并不知道工作的产出是什么，也无从知道工作是否完成得好。这种情况多数集中在通过智力劳动为企业做出贡献的知识性员工身上，他们做出的很多贡献并不是有形的产品，因此也不像有形的产品那样容易评估。而且由于互联网的广泛运用以及信息技术的快速发展，这部分员工的工作方式也与传统的工作方式不同，对他们工作过程的监督与控制也变得困难起来。

2、在某些情况下，即使知道对工作绩效应该从什么方面进行衡量，也不知道该如何去衡量。

因为不是所有的事情都能轻易地通过数字来衡量，因此当面临诸如创造性或用户界面友好等评估因素时，评估者往往会感到无所适从而灰心丧气。

3、由于团队在组织中发挥着越来越重要的作用，对团队绩效的评估也变得越来越重要，而这对我们是一个难题。

团队都是由许多个体构成的，因此对绩效的评估既要针对团队，又要针对个体，这样就使评估的工作量成倍的增长。团队往往都是跨部门的，对团队的绩效考核很有可能会与组织既有的绩效考核体系发生冲突，而且在很多时候，如何建立支持团队绩效指标、彼此不发生冲突的个人绩效指标也是一件非常困难的事情。

4、不注重对关键业绩指标体系指标的审核，导致评估指标及评估标准无法与组织目标的相一致，或者是无法落实操作。

因为关键业绩指标体系的建立实际上是一个强势的推和拉的过程，一旦指标及相应的评估标准不再支撑组织战略目标的达成，将会给企业带来巨大的破坏作用。而在设计绩效考核指标体系时，由于设计者自身的水平有限，或者是外部咨询专家对企业实际情况认识不足，都会导致指标体系的设计不合理、不科学和难以操作。但在具体的操作中，企业往往会忽视对关键业绩指标体系指标的审核，而且企业高层也对此缺乏足够的重视。